一、水源问题
鲟鱼苗种培育对水环境的变化较为敏感，对水质要求也高，现在许多养殖户都采取打地下深井水作为鱼苗养殖的水源，地下井水水温虽然适宜鱼苗培育，但在使用前一定要检测水体各项指标，是否符合《渔业水质标准》，首先要保证地下水清澈透明，不含超标的重金属离子，酸碱度适宜。
水花鱼苗对水体中有效氯、硬度极为敏感，要求有效氯的含量为0，水体总硬度在98.2～151.7毫克/升内，超过规定标准鱼苗死亡率高达90%以上。在使用井水作为鱼苗培育的水源，还需配套建设1个或多个蓄水池，用来沉淀、过滤、曝气增氧、水处理后才能流到鱼苗池使用。
二、环境变化
1 水温。鲟鱼属于偏冷水性鱼类，鱼苗生长适宜水温为18～20℃，超出该水温范围对鱼苗生长不利，尤其在水花鱼苗暂养阶段水温超过22℃，鱼苗的死亡率和畸形率都会增加。与常规养殖鱼类相比，鲟鱼苗对水温变化较为敏感，昼夜温差一般不宜大于5℃，瞬时温度不宜超过1℃，瞬时间温差过大会造成大批量的鱼苗死亡。因此在鱼苗转运过程中，一定要掌握好运输水温与养殖池水温的温差情况，下苗前先调试水温，放少许鱼苗试水直到安全后才能大量放苗。
2溶氧。水中溶氧量的高低直接影响鱼苗的成活率，无论在哪个发育阶段，当水中溶氧低于3毫克/升时，鱼苗就处于缺氧或严重缺氧状态，存活率很低。鱼苗培育池的溶氧达到5毫克/升以上，才能满足其正常发育的生理需求。
3水质。鲟鱼苗对水体中氨氮含量比较敏感，特别是对水中非离子氨的敏感性高于一般的淡水鱼类，其养殖水体氨氮的浓度不能高于0.5毫克/升，非离子氨的浓度不能高于0.02毫克/升。在养殖过程中要做好日常管理工作，每天排除粪便和多余的残饵，定期更换新水，防止鱼苗中毒死亡
三、育苗池结构
目前常用的育苗池有3种：玻璃钢、水泥池、瓷砖池，通过试验比较，用玻璃钢培育鱼苗平均成活率在85%以上，用瓷砖池培育鱼苗平均成活率在70%左右，用水泥池培育鱼苗其平均成活率在30%左右。鱼苗腹部细嫩，极易受伤或破裂而致其死亡，因此，培育池的选择很关键，必须选择池壁、池底平整光滑的鱼池来作为鱼苗培育池。
四、饲料投喂管理
1.饲料选择
鱼苗培育饲料选择非常重要，选择正规的饲料生产厂家生产的营养全面的优质饲料是提高鱼苗成活率、促进鱼苗健康快速生长的关键。
2.鱼苗开口
鱼苗培育必须准确地掌握好鱼苗的开口时间，预备充足的开口饵料，饵料不足或不适口都会影响鱼苗的成活率、生长率，鱼苗孵出的第7天大部分鱼苗的卵黄物质已经被吸收，此时应及时投喂丰年虫等鲜活饵料，可以提高成活率到90%以上。
在后期的饲料驯化转饵阶段也应把握好最佳的驯化时间、驯化方法，如果驯化方法不恰当，可导致大多数鱼苗饥饿死亡，造成巨大损失，鱼苗体长达到3厘米以上便可以进行饵料驯化，在驯化过程中不宜操之过急，选择优质、适口的饲料与活饵混合搭配投喂，逐步增加饲料量，慢慢减少活饵量，直到全部驯化摄食饲料为止。
五、其他方面因素造成鱼苗死亡
1.生产操作过程中因人为因素造成鱼苗缺氧、逃鱼、或因拉网捕鱼，鱼苗转池、运输操作中造成鱼苗机械性受伤，引起组织、细胞的变性，坏死。或因药物消毒剂量掌握不准确，剂量过大造成鱼苗中毒死亡等。
2.自然灾害造成的鱼苗死亡，如极端的高温天气或洪涝灾害等，鱼苗不适应特殊环境而大批量的死亡。
3.因放养密度过大，造成缺氧和饲料投喂不足、利用率低，从而引起鱼苗的生长快慢不均，大小悬殊瘦弱死亡。
4.敌害生物对鱼苗的危害，如水老鼠、野鸬鹚等偷吃鱼苗，影响其成活率。
