消毒在水产养殖过程中是非常重要的一环，它不但能有效地杀灭病原体和致病因素，同时也能很好地切断传染途径，防止交叉感染，对减少鱼病的发生，起着至关重要的作用，常用的消毒种类有：
一、池底消毒。一般在苗种投放前进行，常用生石灰和漂白粉，每亩用量生石灰75公斤左右化水全池泼洒。
二、鱼体消毒。一般在苗种投放和分塘时进行，常用药物有漂白粉，漂白粉和硫酸铜合剂和高锰酸钾等，每立方水用漂白粉15—20克的水溶液浸泡鱼体10分钟左右；用高锰酸钾每立方水20克的水溶液浸泡鱼体20分钟。
三、饲料消毒。常用的药物有漂白粉，一般植物性饵料每立方水用6—8克漂白粉溶液浸泡30分钟即可；动物性饵料采用活的新鲜的即可。
四、工具消毒。常用的药物有硫酸铜、高锰酸钾、食盐和漂白粉，大型工具用过后应在阳光下暴晒消毒，小的工具可在用过后用20㎎／㎏的硫酸铜溶液或50㎎／㎏的高锰酸钾溶液浸泡30分钟后洗净即可。
五、食场消毒。长用药物有漂白粉、硫酸铜和敌百虫等，一般采用挂篓和挂袋的方法，也可用药物泼洒在食场水面。
六、水体消毒。常用药物有生石灰、漂白粉、硫酸铜和中药，一般用漂白粉1㎎／㎏溶液或生石灰20—30㎎／㎏溶液和硫酸铜0.7㎎／㎏溶液定期泼洒，另外也可用中草药扎成捆放入池塘中也能起到消毒的作用。
