近几年来，微生物制剂在水产养殖中的应用得到普及，特别是在虾蟹养殖池塘应用较广泛，但也有养殖户对微生物制剂的认识和使用上存在误区。
误区一：高温季节使用，其他时间不需使用
微生物制剂作用发挥较慢，长期使用方能达到预期的效果。因此要尽早使用，通过有益菌的大量繁殖形成优势种群，减少或阻碍病原菌的定居。高温季节养殖动物摄食旺盛，产生的粪便较多，微生物制剂使用间隔期要短一些。一般每隔15-20天使用一次，高温季节7-10天使用一次。
误区二：依靠微生物制剂治疗疾病
事实上微生物制剂的预防效果好于治疗效果，其可以改良水质、提高养殖动物食欲、抑制有害菌的生长繁殖，但是养殖动物发病后，不能依靠微生物制剂来治疗疾病，而是要用药物来杀灭病原体，该杀虫杀虫、该杀菌杀菌。注意微生物制剂不能与抗生素、消毒杀菌药或具有抗菌作用的中草药同时使用，在水体使用消毒剂五天后才可使用，使用抗生素两天后才能使用。
误区三：微生物制剂使用安全，对天气条件没有要求
芽孢杆菌、硝化细菌等是好气性细菌，当养殖水体中溶解氧高时繁殖速度加快。因此要在晴朗有风的天气使用，泼洒的同时尽量开动增氧机。生产中有养殖户在阴雨天气使用，水体中溶氧本就不高，微生物制剂施入后分解耗氧，使得池水溶氧更低，发生浮头甚至泛塘事故。同时要了解不同微生物的特点，选择在合适的季节使用，如光合细菌生长繁殖最适水温28 -36℃，所以在水温20℃以上时使用效果好，一般在5月中旬以后使用。
