当双孢菇料层发好菌时，只有覆土层有长好长足但又不徒长的网状菌丝，才能出好菇，多出菇，因此覆土后的发菌管理很重要，甚至高于料层发菌。
1、当覆土调好水且土层表面水迹收掉后，在棚内温度保持在22摄氏度-23摄氏度，相对湿度85﹪左右，5天之内以虚掩门窗少通风为主，适当通风换气为辅，使料中菌丝尽快爬入土层。在一般情况下，覆土后5天菌丝便可爬入土层，5天后通风量逐渐增大，但风量还要以菌丝状态而定，若菌丝灰白色，表明通风换气适中；若菌丝细白，表明通风换气不足，以增加通风换气次数和时间。但也要防止因通风过量而使菌丝回头倒伏而在土层下部深结地雷菇，同时，菌丝一旦爬如土层，一般不宜再喷水，因为喷水不当也可能使菌丝低头而产生地雷菇；另外还要注意晚上的温度，如果晚上的温度低于20摄氏度，并且菌丝刚爬入土层，也不要通风；若土偏干不利于菌丝串土，也要适当喷水，轻喷勤喷，把土层调到适当的湿度；如果覆土后5天菌丝还未爬入土层，可在菌床上覆一层地膜，以利吊菌入土。
2、覆土后15-20天是管理的关键时期，当菌丝串土到覆土层2／3并且土层中有大量菌丝出现时，要及时加大通风量，将棚温调到16-18摄氏度，料温降到15-19摄氏度，同时在大通风1-2天后，喷一些结菇水，喷水量1-1.5㎏／㎡，分2-3天喷入，然后再大通风1-3天，再转入小通风，以促进原基和菇蕾形成。结菇水要喷到土粒捏的扁、搓得圆、不黏手为宜。这样经3-5天便可在表土下0.5-1.0㎝的位置上形成米粒至绿豆大小的子实体幼蕾（覆土后15-17天）。当幼蕾长到黄豆大小时，应喷一次保质水，1㎡约0.5㎏.此后，再经过4-6天，黄豆大小的菇蕾便可长到2.5-4㎝直径的等级菇。
3、一般来说，在出菇期间，土层湿度以达到土粒捏的扁、搓得圆、不黏手、落地不散、水又不能漏入料内为标准。如果土层湿度达到能搓圆黏手的程度，表明水分已大。如果在10月就已出菇，温度尙高，可以在出第一茬菇时土层湿度达到搓圆又轻微黏手的程度。但进入11月份决不能让土层湿度达到轻微黏手的程度，并要逐渐降低土层湿度，以免水伤菌丝。
4、菌盖长到3-4㎝时应及时采收，这时菇质好，转潮快，产量高。采收过迟，菇体长得过大，将大大延期传潮，也不能增加产量。
秋冬双孢菇菇棚的管理
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