存单纠纷的审理经历了较长时间的“无序”状态，1997年11月25日最高人民法院审判委员会通过并于97年12月13日施行《最高人民法院关于审理存单纠纷案件的若干规定》（以下简称“规定”），终结了这种司法“无序”。根据该规定及司法实践，笔者认为，对存单纠纷的处理，应从以下几方面把握：
（一）存单纠纷的程序法操作
1、管辖问题。从最高人民法院司法解释的解释依据及意图看，笔者认为存单纠纷是合同纠纷中较为特殊的一种，该类纠纷应统一按商事纠纷审理为妥当，而不宜按一般民事纠纷受理，从区域管辖看，为方便诉讼及存单纠纷主体及诉讼本身的特点，法律规定由被告住所地或出具存单、进帐单、对帐单或与当事人签订存款合同的金融机构住所地人民法院管辖。
2、举证责任问题。证据是法院判定事实的依据，存单纠纷由于自身的复杂性，举证问题对当事人尤显重要，按照民事诉讼的一般举证原则，应当是“谁主张、谁举证”，这在存单纠纷审理上亦有体现，首先，金融机构诉求确认持有人所持存单等凭证无效的，其应提供充足证据证明存单、进帐单、对帐单、存款合同等凭证系伪造、变造，其次，持有人所持存单在样式、印鉴、记载事项上与真实凭证有差别，其应对合理取得的瑕疵凭证负举证责任。第三，金融机构要求确认存单质押有效，其应负提供有效质押的相关证据的责任。但在存单纠纷审理中，举证责任的倒置更为普遍。具体应为：一是持有人持存单等真实凭证提出诉讼，金融机构否认双方存在存款关系的，金融机构应就存款关系不存在举证关系。二是持单人对所持瑕疵承担的合理取得举证后，金融机构对其否认存款关系的存在亦负举证责任。三是金融机构否认为他人开具存单真实性（质押的），其应对未开具或未收取存单项下的款项负举证责任。
3、对当事人涉嫌犯罪案件是否中止审理问题，案件审理中，有关国家机关对因伪造、变造、虚开存单或涉嫌诈骗、挪用的当事人立案侦查，存单纠纷确须待刑事案件结案后才能审理的，法院应当裁定中止审理，如果追究有关当事人的刑事责任不影响对存单纠纷案件审理的，法院不应中止审理，应继续审理并作出民事实体处理。
（二）实体处理。
1、对一般存单纠纷、对存单及存单项下存款关系的双重真实性审查后，即可判定金融机构按单付款息或驳回持单人的诉讼请求。
2、在司法实践中，以存单为外在表现形式的借贷纠更为普遍即出资人通过金融机构的“存单形式”将款项实际交与用资人使用并取得高息。该类纠纷中，当事人规避国家信贷法规，套取或滥用金融信用，搞“体外循环”，以转嫁风险或获取非法利息，系违法借贷，扰乱了金融秩序，对该类纠纷的处理，《若干规定》第六条已作了详细规定，在此不再详论。但笔者对其中第二款规定略存疑义，简谈如下：第六条第一项规定，出资人将款项或票据交付给金融机构，金融机构给出资人出具存单等，并将资金自行转给用资人的，金融机构与用资人对偿还出资人本金及利息，承担连带责任。笔者认为，诉讼中不应将用资人列为被告，承担责任，而应由金融机构自行承担责任，再由金融机构向用资人追要，因为，出资人将款项交付给了金融机构，约定高息，虽然可能许可了金融机构以该款放贷，但金融机构在出具了存单后，是自行将该资金转给用资人的，这种存、贷关系户是相分离的，出资人只持有金融机构存单，并不了解用资人，用资人只是从金融机构取得资金，并未和用资人有资金关系，金融机构接受出资人的资金后，何时交付以及交付给哪些用资人，均不为出资人所把握，因此出资人主张权利，应由金融机构直接自行承担还款付息责任感，这样既方便诉讼，又更切近现实，如果所转给的用资人单一且转资时间一致时，也可列用资人为第三人，判令用资历人承担连带清偿责任。
3、第六条最后一款规定：如以存单为表现形式的借贷行为确已发生，即使金融机构工作人员超越权限出具上述凭证等情形，不影响人民法院按以上规定对案件进行处理“这一规定过于绝对，笔者认为，对信贷人员违法操作且对方当事人明知其无权或双方系恶意串通损害国家集体利益，应当确认双方行为均无效，应当按照无效合同处理。
4、关于存单质押纠纷，除规定中的处理方式外，对于借用他人存单向金融机构质押的，应由借用人以出质人身份办理相关手续，否则，应认定质押无效，另外，对于将他人向自己质押的存单未经出质人同意转质押的，亦为无效。质权人向存单所有人主张权利的，不予支持，其应向主债务人主张实体权利。
审判实践中，应当根据存单纠纷的特点把握好具体纠纷的性质，充分运用法律、法规及司法解释的精神，分清责任，作出正确的裁判。
