一是权力过于集中，处理、处罚存在较大的随意性。
审计监督的依据主要是国家的财经法规，审计在监督检查过程中，有的没有严格按国家财经法规办事；有的碍于“人情”，对被审计单位的违纪违规问题熟视无睹；有的在处理、处罚过程中，强调单位的实际情况多，维护国家财经法规严肃性的少；重视地方利益的多，兼顾国家利益的少。如在对“小金库”、“乱收费”等严重违反国家财经法纪行为的处理上，仅仅是作收缴违纪款处理了事，而没有按照规定对私设“小金库”行为和作出“乱收费”的有关责任人作出处理。
二是经费严重不足，深层次监督不够。
我国审计机关实行的是双重领导体制，审计办案所需经费由地方政府预算安排，但地方财政困难，审计经费得不到应有的保障，审计在执行公务中，造成有些费用由被审计单位承担，这就难保审计执法的公正性。再者，有的地方政府给审计机关下达违纪款收缴任务，有些基层审计机关为求生存，不得不违心片面地追求违纪款入库，而对被审计单位的一些深层次问题，则过问较少，不会从制度和机制上对问题产生的原因作进一步的分析，影响了审计监督作用的进一步发挥。
三是审计监督缺乏再监督。
假如审计监督不公，谁来实施再监督?在审计过程中，查到被审计单位深层次问题，被审计单位肯定会利用一些可能利用的手段来拉拢审计人员，这时，审计人员假如经受不住被审计单位的诱惑而私下“放”了一些问题，这些被“放”的问题由谁来监督?特别是在对基建工程决算审计中，因工程项目是由项目经理部经理承包，完全属个体性质，当审计人员核减工程量时，“包工头”为了自身利益的最大化，肯定会采取各种手段要求审计人员“手下留情”，而审计机关作出的决定往往是“终审”，这就给我们提出了一个这样一个问题，当审计人员违反审计职业道德而私下“处理掉”的这些问题由谁来监督?审计质量由谁来把关?因此，加强对审计权力的监督和制约，遏制执法腐败，刻不容缓，势在必行。
