l、重新登记问题。我国目前的证券账户主要分为个人投资者账户(A字头账户)、一般法人投资者账户(B字头账户)和券商自营账户(D字头账户)。截至1999年12月底，在上海证券交易所开户的投资者共有2272．23万户。其中A字头账户为2264．67万户，占开户总数的99．67%；B字头账户为6．38万户，占0．28%；D字头账户为1．17万户，占0．05%。A字头账户比例过高的原因之一是有相当部分A字头账户实际上由机构投资者操纵使用，因此，实行股票实名制不仅意味着对新开户的投资者实行实名制，更重要的是必须对原有的证券账户进行登记，而对原有证券账户实施重新登记工作量将十分巨大，需要各部门配合实施。
2、账户清理问题。目前有人提出应由营业部代理登记结算公司对现有账户进行清理，该办法存在明显的缺陷：(1)券商的自营部门本身拥有大量的个人账户，用于新股申购与二级市场炒作，因此如果委托券商下属的营业部实施账户清理必然存在执行不严格的嫌疑；(2)由于营业部之间竞争激烈，为了保证机构投资者长期在本营业部开户操作，保持自身资金的流动性，营业部可能对机构投资非法持有的个人账户清理不力，出现账户清理走过场的局面。
3、股市波动问题。在重新登记的过程中，原有的机构投资者必然会将其操纵的个人账户内的股票变现，并转移至其他可以通过重新登记的账户中，以防止资金被登记结算公司冻结，从而可能在短期内造成股指的异常波动。
4、监管问题。对于股票实名制我们不能神化其作用，实际上，股票实名制也不是一种万能的监管制度。目前券商为争夺客户，不可能期望其对股票“实名制”进行有效的监督，更不用说有一部分券商本身就是某些股票的操纵者。再者，目前国内证券账户数已超过了6500多万，而且这一数量还在稳步的增加，对如此庞大的账户数量进行监控，其可操作性有多大是可想而知的。
