支付对价是股权分置改革的新生事物，是一种新型的会计事项，现行会计制度对此没有做出规范。因此，必须把支付对价与股权分置的历史和现状结合起来进行剖析，找出其本质以作为会计处理的依据。
1.支付对价是非流通股股东向流通股股东支付的违约赔偿。根据《证券法》的规定，股份有限公司申请股票上市交易必须报经国务院证券监督管理机构核准，股份有限公司公开发行的股票经核准在证券交易所上市交易即获得股票上市流通权。但对于发起人股份(无论是国有股还是社会法人股、自然人股等非国有股)，则应在招股说明书中载明“暂不流通”。非流通股股东在公司首次公开发行股票和上市时明确其持有的股份“暂不流通”，是投资者做出投资该公司流通股决策的最为重要的条件之一，是“投资合同”中的重要条款。尽管非流通股股东没有向流通股股东做出单独的承诺且双方之间没有形式上的协议，但这种合同法律关系是存在的。实施股权分置改革，非流通股股东获得上市流通权就构成了违约行为，对流通股股东的利益造成了损害，从而其应当依法承担违约责任，而承担违约责任的形式就是支付违约金。
2.支付对价是非流通股股东向流通股股东购买的流通权。只有向社会公众发行的那部分股票才具有上市流通权，才能在事实上造成社会公众股与发起人股同股不同权，同时相应地造成同股不同价。这首先体现在股票发行市场，投资者购买股票的决策包含了只有他们购买的这部分股票才具备流通权的判断，因此乐意为“买断”非流通股的流通权支付溢价。公司上市后，上市公司的股权转让实际上存在两种价格，即非流通股的协议转让价格和流通股的竞价交易价格。协议转让价通常在每股净资产的账面价值基础上存在一定的溢价；而流通股可以方便地在证券交易所竞价交易，与协议转让相比，其交易成本低、流动效率高，因而竞价交易价格不仅包含公允价值溢价，而且反映了投资者愿意为流通权支付的溢价。
3.支付对价是非流通股股东侵占流通股股东权益的补偿。由于股份有限公司公开发行股票时存在制度缺陷，这就造成了非正常溢价，从而形成资本公积，它来源于流通股的溢价部分，即流通权溢价。在同股同利政策下，非流通股股东和流通股股东共享这些准资本，从而对流通股股东权益造成损害。最典型的案例是用友软件以每股36.68元的高价发行2500万股每股1.18元的净资产，结果使自己7500万非流通股每股净资产飙升为9.7元/股。由于是在股权分置的条件下，因此这是由在股票发行时进行市场询价所造成的结果。市场询价有其道理，但是由于三分之二的股票不流通，这样的询价方式也就成为了制度缺陷。
