换股比例的确定对合并各方股东权益的影响主要体现在以下几个方面：
1、造成股权分散，稀释主要股东的持股比例。换股并购方式是在存续公司或新设公司，通过向拟解散公司增发或新发存续公司或新设公司股票的方式下进行的，无论增发股票或是新发股票必然改变合并双方股东的持股比例，造成股权分散，有可能稀释主要股东对合并公司的控制能力(如由绝对控股转为相对控股)。因此，当主要股东的股权稀释到不能有效控制合并后的公司，其控制权受到较大的威胁的时候，而又不愿放弃这种控制权力时，主要股东可能反对合并。
2、可能摊薄公司每股收益。如果主并公司支付给目标公司的市盈率小于主并公司自身的市盈率，则主并公司每股收益增加，而且目标公司每股收益减少；如果主并公司支付给目标公司的市盈率大于主并公司自身的市盈率，则主并公司每股收益减少，而且目标公司每股收益增加。因此采用交换股票的形式进行合并，在第一种情况下不但导致主并公司股东可能抵制这种合并行为，而且企业管理者也不希望摊薄公司每股收益，因为，每股收益也是衡量经理人员经营业绩的一个重要尺度。反之，在第二种情况下目标公司股东可能抵制企业合并。
3、可能降低公司每股净资产。在目标公司一方实际每股净资产较低的情况下，如果确定的换股比例不合理，则有可能降低主并公司每股净资产。由于每股净资产反映了公司股东持有的每股股票的实际价值，减少每股净资产就是对主并公司股东权益的侵害。反之，有可能降低目标公司每股净资产。
因此，企业合并必须首先正确选择目标公司，确定换股比例要综合考虑目标公司的账面价值、市场价值、成长性、发展机会、合并双方的互补性、协同性等因素，全面评估合并双方的资产，应本着公平、公正、不侵害合并双方股东合法权益且为双方股东认可的原则，正确确定换股比例。
以原水股份、凌桥股份合并案为例，两公司属同一行业，以两公司的每股净资产为基础，以1999年12月31日为合并基准日，但没有考虑合并双方的市场价值、成长性、发展机会等因素，就确定换股比例为1.396∶1，即每1.396股凌桥股份换取1股原水股份。这意味着凌桥股份二级市场股价要下降到原水股价的75%左右，也即如果原水股价保持7.39元不变，则凌桥股份股价须由10.93元下降到5.54元，下降幅度达50%才合理。这样必然会造成凌桥股份二级市场股东大受损失，这种不公平、不公正的换股比例受到凌桥股份二级市场股东的强烈反对并导致合并失败。
1999年龙电股份吸收合并华源电力，其合并类型为横向合并，合并中换股比例的确定以1998年12月31日为审计评估基准日，以合并双方经审计后的每股净资产为主要依据，华源电力的每股净资产为1.99元/股，龙电股份的每股净资产为2.56元/股，在适当考虑合并双方的成长性、发展前景及无形资产等因素后，确定此次合并的具体换股比例为1.5：1，即华源电力全体股东用1.5股华源电力的人民币普通股股票换取1股龙电股份的人民币普通股股票，由此得出的1.5：1的换股比例是公平的、合理的，它被合并双方股东都能普遍接受的，结果并购成功。
换股并购是在新的市场经济条件下的一种创新并购方式，由于其不需要大量现金，为我国企业尤其是上市公司低成本甚至无成本扩张提供了一条新思路。这在我国目前企业规模继续扩大、产业资金相对短缺的情况下，无疑是一种比较合适的并购方式，对于我国证券市场发展和企业规模扩大来讲具有深远的意义。
