(一)理论假设存在局限性
该模型假设企业现金流量的增长呈现出两阶段态势。这种假设在实务中只是一种近似正确的假设，企业的发展不可能在每个会计年度都完全符合两阶段的假设。因此该模型只能近似估计企业的股权或实体价值
(二)未来现金流量难以确定
“两阶段增长”模型作为现金流量折现法的一种应用，因而带有现金流量折现法的一些缺陷。现金流量折现法的核心思想是将企业未来预期的现金流量按一定的折现率进行贴现，将其折算为现值以评价公司价值。这种方法需要预测公司各项已投资项目以及公司整体的未来净现金流量，然后根据一定的折现率计算出投资项目的现值，也就是公司的价值。然而由于宏观经济未来的不确定性以及经营环境的复杂多变性，导致了投资项目未来收益的不确定性，投资的现金流从本质上说是不确定的，一般而言，决策者很难准确估计某个投资项目在其寿命期内的净现金流量。很显然，由于企业未来的现金流量难以或者无法得到准确的预测，因而这种方法存在着难以弥补的缺陷。
(三)折现率的确定存在问题
目前的评估方法中，折现率一般是在企业资金成本的基础上，综合考虑企业的财务风险因素而选取的。在具体评估企业价值时，一般会以静止的方法确定折现率，以目前资本结构下的折现率进行企业价值评估，折现率是固定的。但是在实践中，由于企业经营活动不断变化，致使企业风险也在不断变化，进而影响到资本结构中各种资金的权重，导致折现率波动，从而引起企业价值评估结果变化。
综上所述，“两阶段增长”模型带有较强的主观陛。无论其假设条件、未来现金流量或者其折现率的估算都带有主观色彩。尽管“两阶段增长”模型存在诸多局限性，但是这种模型仍然具有一定的科学性，在实践中也初步显示出其优越性，因而受到国内外许多专家学者的关注，并且为世界许多先进企业所接受及应用。我们必须清楚其适用性，在理论与实务中不断促进其逐步完善。
