三板行情的日渐低迷显示该市场正面临信心危机，政策仍将主导三板发展的方向。目前困扰三板的变数主要包括：
市场的定位。关于三板市场的定位一直以来就是业内争论的焦点，尤其是在历史遗留问题股的流通、承接退市股票这两大任务得到顺利贯彻以后，今后三板市场的发展定位更为迫切。由于承接退市公司以及历史遗留问题公司，三板不可避免的充斥许多绩差公司、问题公司，甚至有人把三板称作为“垃圾市场”。缺乏富有活力的上市企业，三板市场如何寻找发展的基础呢?作为柜台市场，三板理应具备更好的兼容性，吸引有潜质的中、小企业挂牌交易，成为主板或二板市场的储备资源。但是目前国内二板仍未推出，三板与主板只是单向流动，代办转让系统的定位变得模糊不清。并且具有国内柜台交易雏形的三板市场还面对来自竞争者的挑战。以成都技术产权交易所为代表的各地“非上市股份有限公司股权托管转让业务”也正在紧锣密鼓的探索之中。
转主板。登陆主板是三板市场最具魅力的题材，也是支撑三板公司重组的生命力所在。
事实上，首家成功转板个案具有深远意义。“转板”的具体条件由于未有先例仍是最大的未知之数，从现有的上市法律来衡量，这几家公司基本能够满足“最近三年连续盈利”等硬性指标，但是以现行的发行上市审核标准衡量恐仍有不足。所有NET、STAQ公司以及资历较长的投资者都把中国证监会2000年发布的题为《关于答复STAQ、NET系统股民询问口径的通知》中，明确指出证监会“对两系统原挂牌企业的上市申请，在法律、法规允许的范围内，优先考虑，抓紧审核”。
全流通问题。全流通问题源于2002年9月16日，当日三大证券报头版刊登中国证券业协会负责人谈话：“退市公司重组后股份可全流通”。该项政策出台被视为“6·24”国有股减持叫停后，对市场影响最大的政策，当日三板股票全线跌停，A股市场也受到牵连。当消息反馈为过激反应，管理层暂时放缓了步伐。虽然“全流通”政策的初衷是鼓励退市企业重组改善企业质量，同时消除非流通股的弊端，从一开始就为三板市场发展奠定良好的基础。但是政策的实施有待周密的酝酿与安排，不确定性的增加只会促使投资者用脚投票，反而延缓改革的进程。
三板市场的双向扩容是可以预见的，但如何去经营、监管，如何把握市场的发展方向、保持市场的活力是摆在证券业协会面前的一连串考验。通过建立市场准入制度；严格筛选挂牌企业；进一步改革交易制度与竞价方式；引入做市商制度；允许企业融资；打通连接主板或二板的通道等举措将有效激活市场，提高市场流动性。
对于解决历史遗留问题，并承担探索建立多层次证券市场体系历史任务的三板市场，其发展注定不能只依靠市场力量来推动，政策扶持与制度创新是发展的动力源泉。面对种种难题，三板发展道路几乎不可能是平坦的，但是如同A股市场建立初期所遇到的阻力一样，发展才是解决问题根本方法。广发证券、兴业证券获批代办券商资格也许会成为三板加速前进的里程碑。代办券商的增加有效完善三板覆盖全国的交易网络，交易品种的增加必然引入大批投资者加入，一旦制度建设趋于成熟，三板市场地位也就水到渠成，实现代办转让系统向真正意义的“三板市场”转变。
