元世祖至元十一年（1274年），元朝统治西藏后，由吐蕃等路宣慰使司都元帅府管辖。
明代，永乐年间类乌齐寺的主持被封为国师，管理此地。
清代，曾设恩达县。
清雍正四年（1726年），设类乌齐宗。
民国七年（1918年），噶厦政府直接派驻“拉尼”和一个“代本”的军队，形成以噶举派为主，政教合一的政权机构。
1950年，前类乌齐宗管辖六大“本布”区域，区域的百姓直属类乌齐三大札仓领有。
1959年，时将六大本布中的“嘎玛格若达那本”和“莫冬冷曲林本”的区域划归昌都县。
1960年，成立类乌齐县人民政府，县驻地设在类乌齐镇。
1962年，新建巴夏区。
1964年，将玛利区划归洛隆县管辖。
1972年，县政府驻地迁至桑多区，同年新建类乌齐区。
2014年11月，昌都撤地设市，此县为昌都市辖县至今。
