西藏十二小邦时期，桑日境域为十二小邦之一的沃卡邦噶的统治区。
吐蕃时期，桑日属约茹。
9世纪末，吐蕃末代赞普的王子奥松后裔建立拉加里地方割据政权，桑日由拉加里政权统辖。
南宋端平二年（1235年，藏历第四饶迥木羊年），以丹玛贡尊为总管，建立伯木古鲁万户（后称帕木竹巴万户），桑日属于其治辖范围。
14世纪中叶，帕竹地方政权建立，在桑日境内设立沃卡宗和恰嘎谿，宗、豁下设宗本和豁本。拉加里（地方自管首领）在政治上仍相对独立，一直不放弃对恰嘎谿的统辖。
14世纪后期至15世纪初期，阐化王扎巴坚赞在境内设卡达宗，并将桑日颇章岗改为桑日宗。卡达宗和桑日宗均为二级宗，管理白堆、雪巴（今桑日镇）地方。
明宣德七年（1432年，藏历第七饶迥水鼠年）后，恰嘎谿属帕竹第悉扎巴迥乃统辖，并改为恰嘎宗。
崇祯十三年（1640年，藏历第十一饶迥铁蛇年）前后，噶玛丹迥旺波任藏巴第司时，卡达宗被废弃。
崇祯十六年（1643年，藏历第十一饶迥水羊年），五世达赖喇嘛建立甘丹颇章政权后，境内沃卡宗、桑日宗、恰嘎宗归噶厦统辖。
清康熙六十年（1721年，藏历第十二饶迥铁牛年），七世达赖喇嘛格桑嘉措执政后，桑日宗被封给七世达赖喇嘛父亲索诺木达尔扎。至此，桑日宗成为桑颇家族及桑珠颇章的庄园，同时又是西藏地方政府的下属行政机构，其宗本在桑颇家族的大差巴户中选派产生，不由西藏地方政府委派，宗本�仁亲诘男姓す伲质巧Ｆ募易逶诘钡氐拇砣恕ＩＨ兆谖鞑氐胤秸粝碌囊桓鋈茸冢芾硌┌偷胤剑ǔ缤獾慕裆Ｈ照蚯颍�
民国元年（1912年，藏历第十五饶迥水鼠年），西藏地方政府在山南设立洛卡基巧（山南总管），桑日境内仍设沃卡、桑日和恰嘎三个宗。其中沃卡宗、恰嘎宗为二级宗，桑日宗为三级宗，分别管理增期（其中贡德林牧场属拉萨功德林寺所有）、沃卡、白堆、桑日（除江乡外的今桑日镇地域）、绒等地。
1959年5月，撤销地方旧政权，设立桑日县，以原沃卡宗、桑日宗、恰嘎宗和温宗的行政区域为桑日县的行政区域，县机关驻巴朗。
1960年，县机关驻地迁往桑日区雪巴乡（今桑日镇雪巴村）。
2016年2月，山南撤地设市，此县属于山南市。
