1941年设置惠农县时，划归惠农县。
1949年9月惠农县解放，属惠农县第八区。
1950年2月，石嘴山调整为第一区第一乡。
1957年，石嘴山镇升格为区级镇。
1958年，人民公社化，石嘴山镇与尾闸乡、下营子乡合并成立灯塔人民公社，石嘴山镇名仍保留。
1959年1月，惠农县驻迁往石嘴山镇。
1960年4月，在石嘴山组建南街、北街两个城市人民公社，石嘴山镇撤销。不久以2个城市人民公社为基础，成立了石嘴山市第一、第二2个区，区与公社合一。
1962年5月两区合并，定名为石嘴山市城区，下辖6个街道。
1963年，将6个街道调整为南街、北街、河滨街、火车站等4个街道。
1972年2月，银北地区成立。
1973年6月，石嘴山市由自治区直辖改为地区辖市，石嘴山仍为市属城区。
1975年11月，银北地区撤销，石嘴山市升格为地级市，驻地迁至大武口；此时，石嘴山城区改名为石嘴山市第二区。
1981年4月，石嘴山市第二区更名为石嘴山区。
1987年6月，撤销石嘴山市郊区成立惠农县时，原属郊区园艺乡的沿环村划入石嘴山区。石嘴山区辖南街、北街、河滨街、火车站等4个街道。
1997年，面积125平方千米，人口12.1万，辖北街、火车站、河滨、南街4个街道，区政府驻北街。
2000年，石嘴山区辖6个街道。总人口120739人，其中：育才路街道 14848 南街街道 31641 中街街道 18460 北街街道 14008 河滨街街道 29407 火车站街道 12375
2004年国务院批准撤销石嘴山区和惠农县，在其原有基础上成立惠农区，区政府驻北大街。
