万历年间，当时由董茂兰、董茂颐兄弟倡建，请命于钦州知州董延赐圩名为小董,是广西历史四大名镇之一。明代属新立乡。清光绪十四年（公元1889年）后隶属于钦州沿海司，民国期间始设镇。解放初期划为钦州县第一区，1951年改为二区，1951至1953年曾为钦县人民政府所在地。
1955年改称小董区，1957年称小董乡，1958年大跃进时成立小董人民公社，1984年复设小董镇至今。
1994年6月28日，钦州撤地设市，分钦城、钦南、钦北三区和灵山、浦北两县，小董镇属钦北区。
小董镇现辖有16个行政村，分别是那兰村、多隆村、中花村、那料村、那学村、榃头村、那道村、东联村、逍遥村、吉水村、板董村、奇陵村、榃楼村、龙眼村、西陵村、那陵村。1个社区居委会。
