明清时期，百禄隶属于淮安府安东县，后安东县改名为涟水县，百禄归属涟水。
民国三十年(1941年)元月二十四日，以境内盐河为界，将涟水县划为两县，盐河西仍叫涟水县，盐河东叫涟东县，百禄属于涟东县。
1950年6月18目，涟水县和涟东县合并，仍叫涟水县，百禄归属于涟水县管辖。
1958年3月，经国务院批准，由灌云县的曙红、海亭、李集、张店、三口、新安、陈集、苏光、树德9个乡镇和涟水县的六塘、花园、硕湖、新集、百禄5个乡析置的灌南县开始办公，隶属于江苏省淮阴专区，百禄随之改属灌南县。
1966年1月，经省人委批准，析田楼公社的13个大队，设立大埝人民公社，公社驻地长茂街。析百禄公社的10个大队，三口公社的1个大队，共11个大队设立小窑人民公社，驻地小窑街，小窑随之划离百禄。
1996年，江苏省行政调整，灌南县划入连云港市，百禄镇行政隶属关系不变。
2005年4月6日，灌南县根据有关文件精神（省政府《关于同意调整灌南县部分行政区划的批复》苏政复[2005]14号）（市政府《关于同意灌南县人民政府部分行政区划调整的通知》连政发[2005]48号），决定对新安镇、百禄镇及李集乡三乡镇的行政区划进行调整：（1）将新安乡、大圈乡与新安镇合并设立新安镇，镇政府驻乔庄村；行政区划调整后，新安镇行政区域面积142.61平方千米，人口15.76万人，辖4个居委会、36个村委会。（2）将小窑乡与百禄镇合并设立百禄镇，镇政府驻百禄村。行政区划调整后，百禄镇行政区域面积105.02平方千米，人口6.05万人，辖24个村委会。（3）六塘乡与李集乡合并设立李集乡，乡政府驻李集村。行政区划调整后，李集乡行政区域面积87.85平方千米，人口6.58万人，辖21个村委会。区划调整后，灌南县辖9个镇、5个乡。
