公元9年（王莽新朝始建国元年），改称东明县，已有2150年的历史。
公元223年（黄初四年）废，历经363年。
北宋乾德元年（963年）复置东明县
明朝洪武十年（1377年），再次废东明县。
明弘治三年（1490年），再次重设东明县。这便是东明县历史上“三置二废”。一次大迁徙即是金兴定二年(1218年)东明县自开封东九十里，即今兰考县城西北，徙冤句、南华故地。将冤句、南华之辖地置为东明县，治所在今东明集。
自金、元、明、清至民国属直隶省（河北省），1949年新中国成立后先归平原省，
后属河南省再后归属山东省。”“元代以前，东昏、东明与今同名而异地，冤（句）、南
（华）、黄（外）、济（阳）与今同地而异名。”其沿革情况为：东明县秦时为阳武县户牖乡，隶三川郡。秦始皇东巡至户牖，霾雾四塞遂命此地为“东昏”。公元前140年(西汉建元元年)，置东昏县。公元9年(新朝始建国元年)称东明县，“东明县”名即始于此。公元25年(东汉建武元年)复改东明为东昏。公元223年(曹魏黄初四年)废东昏县，县城改称东昏镇，县辖地分属外黄等县。公元963年(北宋乾德元年)，在东昏镇改置东明县，属开封府。公元1218年（金朝兴定二年），徙县治于河北冤句(县城在今东明集镇)，原县城降为通安堡。1368年（明朝洪武元年），为避水患，县城迁至云台集(今县城西南西堡城)。1377年废东明县，县辖地分属开州、长垣。1490年（弘治3年）重置东明县于大单集（今东明县城）改隶大名府属河北省。
1949年新中国建立后，东明县属平原省菏泽专区。
1963年划归山东省菏泽专区，今为菏泽市。
新中国成立前，东明县属河北（直隶）省；1949年，划归平原省；1952平原省撤消后，属河南省；1963年，国务院为解决河南、山东两省交界地区水利问题进行区划调整，将东明县又从河南划归山东省，1964将山东省范县建制及所辖金堤以南地区、寿张县金堤以南地区划归河南省。从1994年到2000年，相继撤销三春集乡、马头乡、刘楼乡、大屯乡，设立三春集镇、马头镇、刘楼镇、大屯镇等。
1994年12月29日，撤销东明县三春集乡、马头乡，设立三春集镇、马头镇。东明县辖5个镇、17个乡：城关镇、陆圈镇、东明集镇、马头镇、三春集镇、高村乡、海头乡、菜园集乡、武胜桥乡、张寨乡、沙窝乡、渔沃乡、胡庄乡、长兴集乡、王店乡、刘楼乡、焦楼乡、临河店乡、小井乡、五营乡、大屯乡、焦园乡。
1996年12月29日，撤销东明县刘楼乡，设立刘楼镇。(鲁政函民字[1996]67号)。
2000年6月21日，东明县撤销大屯乡，设立大屯镇。其行政区域和人民政府驻地不变(鲁政函民字[2000]50号)。
2000年，东明县辖7个镇、15个乡，包括城关镇、东明集镇、陆圈镇、马头镇、三春集镇、刘楼镇、大屯镇、渔沃乡、临河店乡、沙窝乡、长兴集乡、王店乡、焦园乡、小井乡、胡庄乡、武胜桥乡、菜园集乡、张寨乡、高村乡、海头乡、五营乡、焦楼乡，以及中原油田六七厂虚拟镇等。
2010年撤销武胜桥乡，以其原行政区域设立武胜桥镇，镇政府驻原武胜桥乡政府驻地；撤销城关镇，以其原行政区域设立城关、渔沃2个街道办事处。
2012年9月撤销东明县沙窝乡，以其原行政区域设立沙窝镇，镇政府驻原沙窝乡政府驻地。
2013年9月 撤销东明县小井乡，以其原行政区域设立小井镇，镇政府驻原乡政府驻地。
