在所有医学疗法均尝试之后，才可以考虑手术治疗法。手术疗法比较耗费时间，并且价格昂贵。而且通常不是由保险公司来支付。这种手段比较适合少数的白癜风患者，一般都是至少有3年以上的稳定病情。
自体皮肤移植。就是手术医生从你身上一个区域中取下的皮肤，附加到身体的另一个患区。这种类型的植皮手术，有时主要用于白斑患处不是很多的白癜风患者。医生先取下正常皮肤色素（供区）的部分，然后把它们放在色素丧失的患区（受区）。自体皮嫁接手术还有几种可能出现的并发症。感染可能发生在捐助者或受体身上。受体和捐体均有可能诱发疤痕，比如鹅卵石的外观，或点状色素沉着现象，或可能根本无法实现正常色素恢复。植皮手术疗法需要时间和高昂的代价，因此很多人觉得它既不好接受，也不实惠。
水泡法植皮手术。在此过程中，医生使用高热、吸痰或严寒使你的皮肤色素起水泡。在水泡的顶部，将其切出来，并移植到另一个色素脱失的患区。水泡嫁接的风险，包括疤痕和复色缺乏（或不足）。但是，就算有疤痕，但是这带来的风险也要比其他类型的嫁接手术少很多了。
微分段（纹身）手术。此手术主要是利用某种特殊的手术器械，然后植入皮肤色素。这种手术最适合唇区患者，特别是那些肤色较深的人。不过，医生也很难做到使周边地区的皮肤与患区的颜色完全吻合一致。
纹身部分的患区不会改变颜色，即便接触到太阳光也不会，即便周围的正常皮肤会改变颜色。因此，即便一开始的时候纹身患区与周围的皮肤完全匹配，但之后可能会出现问题。纹身往往随着时间的推移开始淡化褪色。此外，嘴唇患区的纹身，也可能会导致因单纯疱疹病毒而诱发的水泡病情发作。
自体黑色素细胞移植。在此手术过程中，医生先要拿到患者身上正常的皮肤色素样品，然后将其放到一个专门培养黑色素细胞的实验室中。当培养液中的黑色素细胞成倍增加时，医生就会将其移植到患者色素脱失的白斑患区。这个疗法目前仍处于实验阶段，对白癜风日常护理的人来说，还不太实用。另外这个疗法价格也非常高，并且其副作用尚未可知。
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