系统性红斑狼疮在早期，都只是一些小症状，治疗和控制都比较简单。但是，一旦出现器脏被累及就会变得非常难以治疗，肾脏被累及的几率最大，肾脏病变后形成系统性红斑狼疮肾炎。治疗此病要长时间的服药控制，要时刻关注病情的变化。
由于患者长期使用一些特殊的药物治疗系统性红斑狼疮，药物副作用会导致高血压、高血糖、应激性消化道溃疡甚至出血、骨质疏松、电解质紊乱、白内障等副作用，故应定期检测血尿粪三大常规、生化、血脂、肝肾功能等实验室检查，平时注意观察药物副作用，一旦出现血压升高、上腹部疼痛、烧心、大便发黑、皮肤痤疮、髋关节疼痛、视物模糊等不适应及时向医生反映以尽快调整治疗方案。各种预防接种需慎重，因疫苗作为异种蛋白是种特殊抗原，能诱发具有系统性红斑狼疮潜质的病人，或使红斑狼疮病人的免疫紊乱加重。
对于系统性红斑狼疮肾炎病人来说，要准确获知此病的复发征兆，就要定期进行免疫学检查，早期发现可以控制病情不复发，或即使复发也能得到及时治疗。有条件的病人在缓解期应每隔半年就监测一次实验室指标。无条件的病人可根据自身的感觉来判断有无复发的可能。如原有关节疼、发热、乏力等症状重新出现时应及早就诊进行必要的检查。
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